由于日常生活中毛巾的使用非常频繁，毛巾上常常沾染有人体分泌物，这其中就有许多的致病性微生物，如沙眼衣原体、金黄色葡萄球菌、淋球菌及霉菌等，因此，应每星期消毒。消毒方法有以下几种：蒸煮消毒法，把毛巾先用开水煮沸10分钟左右，然后再用肥皂水清洗，晾干后就可以使用了。
微波消毒法，将毛巾清洗干净，折叠好后放在微波炉中，运行5分钟就可以达到消毒目的。
高压蒸气消毒法，将毛巾放入高压锅中，加热保持30分钟左右，就可以杀灭绝大多数微生物。
化学消毒剂消毒法，消毒剂可以选择稀释200倍的清洗消毒剂或0.1％的洗必泰。将毛巾浸泡在上述溶液中15分钟以上，然后取出毛巾用清水漂洗，将残余的消毒剂去除干净，晾干后就可以再次放心地使用了。
毛巾变硬主要是水中游离的钙、镁离子与肥皂结合，生成钙镁皂粘附在毛巾上而造成的，长时间的污垢残留积累也是变硬的一个原因。要使其变软，可以在1.5千克水中加30克纯碱或适当柔软剂煮10分钟即可。毛巾变油腻后，可用盐水洗。
